Le cours du Kagera est long de 400km. Il prend sa source au cœur de la forêt de Nyungwe, dans la Province de l'Ouest du Rwanda. Il marque la frontière entre le Nord-Est du Burundi et le Sud-Est du Rwanda, puis la frontière entre l'Est du Rwanda et le Nord-Ouest de la Tanzanie avant de remonter vers le nord et bifurquer vers l'est pour se jeter dans le lac Victoria.